La pelicula trata de los pokemon`s legendarios Articuno, Moltres y Zapdos. trata de:Que Ash Ketchum viaja en un barco, despues comienza una tomenta, y embracan en una isla llamada Shamouti, cuando llega lo invitan a una fiesta cuando le cuentan la leyenda de Articuno, Moltres y Zapdos, le dijieron que ellos mantienen la naturaleza de la tierra gobernado por los elementos: fuego, eléctrico y hielo. Los tres han vivido en armonía durante siglos, un día, cuenta la leyenda, la coexistencia pacífica de estas aves poderosas se verá interrumpida, desatando los elementos y provocando el caos en el mundo. Sólo el Elegido tendrá el poder de restablecer el poder en el mundo. Este quebrantamieno de la armonía se lleva a cabo porque un colleccionista de pokemon intenta atrapar a las aves legendarias para que asi aparezca su verdadero objetivo (lugia), el coleccionista atrapa a moltres y luego a zapdos, aunque luego Ash y sus amigos los liberan, cuando esto pasa se desata una batalla sin piedad entre las 3 aves y lugia, aunque éste ultimo salio para ayudar a Ash a que consiguiera la ultima esfera (la esfera del hielo) para que el equilibrio volviera, cuando Ash porfin logra conseguir la esfera y devolverla al santuario las aves se van a sus respectivas islas y todo vuelve a la normaldad.