Todo comienza con una leyenda proveniente de la gente del agua...

En algún lugar de este mundo, existe un Templo del Mar construido por la gente del agua. El Templo contiene un tesoro escondido llamado la Corona del Mar; pero nadie puede asegurar su existencia ya que tanto el tesoro como el templo nunca han sido vistos, y se protegen en el mayor de los secretos. El templo se desplaza por el vasto océano sin ser detectado, esperando el momento de que alguien logre encontrarlo.

Ash y Pikachu conocer a Lizabeth, descendiente de la gente del agua, y junto a ella aprenden los detalles de esta leyenda. También conocen a Jackie, un Pokémon Ranger, quien se encuentra en una misión secreta con el objetivo de proteger el huevo de Manaphy (conocido como el Príncipe del Mar) y encontrar el mencionado templo.

Durante su misión, Jackie es atacado por un pirata conocido como "El Fantasma"; cuyo objetivo es apoderarse de la Corona del Mar y con ella dominar el mundo. Sin embargo, para lograr su objetivo, necesita el huevo de Manaphy.

De esta manera, Lizabeth y Ash se suman a la misión de ayudar a Jackie a proteger el huevo e impedir que caiga en las manos del nefasto pirata. Muchos interrogantes tendremos que descubrir a lo largo del filme ¿Qué es la Corona del Mar? ¿Cómo será el misterioro poder que conecta a Manaphy con el Templo del Mar? ¿Podrá finalmente Ash ayudar a Jackie para que su misión no fracase?.